선거관리위원회 특별검사팀이 11월 4일 중앙선관위와 서울시선관위를 압수수색했다. 특검은 6·3 지방선거 당시 투표용지 부족 사태가 발생한 투표소 가운데 최소 40여 곳에서 투표록이 사후 위·변조된 정황을 포착했다고 밝혔다. 무번호 투표용지가 사용된 뒤 각급 선관위가 투표록에 관련 내용을 추가하도록 지시받았는지 등을 수사하고 있다.