녹색연합은 용산어린이정원의 토양 오염 문제를 지적하며, 정부가 공공주택 공급지로 거론하는 것에 대해 개발 자체가 불가능한 공간이라고 비판했다. 이 단체는 미군 기지 반환 후 오염 정화 과정이 선행되어야 한다고 강조하며, 정부가 정치적 논란을 만들고 있다고 주장했다. 서울시 역시 공공주택 건설에 난색을 표한 바 있다.