전국교직원노동조합 세종지부가 정부의 지방교육재정교부금 개편안에 대해 안정적인 교육재정 기반을 흔들고 국가의 교육 책임을 후퇴시킨다며 철회를 강력 촉구했다. 세종지부는 학령인구 감소를 이유로 교육재정을 축소하는 것은 공교육 강화에 역행하며, 특히 세종시의 특수한 교육 여건을 고려할 때 작은 학교의 통폐합을 가속화할 수 있다고 우려했다.