보령머드축제에서 사용된 머드가 바다로 유입되고 폐머드 관리가 미흡하다는 보도가 나왔으나, 축제 후 머드 침전물과 배출수 성분 검사 결과 환경 오염 물질이 검출되지 않았다. 보령시는 이번 논란을 계기로 사후 관리 체계를 강화하고 환경 관리 수준을 높여 축제의 명예와 지속가능성을 확보하겠다고 밝혔다.