기획예산처는 세수 상황과 무관하게 내국세의 20.79%를 교육교부금으로 자동 배정하는 구조가 문제라고 지적합니다. 학생 수 감소에도 교육교부금이 늘어나는 상황에서, 초과 세수 발생 시 교육교부금도 급증해 재정 운용에 부담을 준다는 것입니다. 교육부는 내국세 연동 구조 폐지에 반대하며 협의 중입니다.