北陸新幹線の敦賀～新大阪間の延伸ルートが「小浜・京都ルート桂川案」に決定したが、京都府・京都市の反発は根強い。新たな評価手法「一体評価」導入はJR東日本への負担増の可能性も指摘され、計画に新たな火種となっている。鉄道ジャーナリスト枝久保達也氏は、費用便益比（B/C）が1を下回る可能性が高く、着工の最大の障壁になると分析している。