검찰의 직접수사권 박탈에 따라 대검찰청 과학수사부와 범죄정보기획관실의 향후 존폐 여부가 초미의 관심사로 떠올랐다. 개정 형사소송법 시행과 공소청 출범을 앞두고 법무부가 관련 직제 정비에 나선 가운데, 이들 부서가 해체될 가능성이 제기되고 있다. 관련 결정은 10월에 이루어질 전망이다.