정부 부처 간의 이견으로 '메가특구' 내 근로조건 특례 논쟁이 노사 대리전 양상으로 번지고 있다. 산업통상자원부는 특례 적용 필요성을 주장하는 반면, 고용노동부는 노동계와의 대화를 우선해야 한다는 입장이다. 정부는 통일된 견해를 내기 위한 교통정리가 시급하다는 지적이 나온다.