自然災害で交通機関が運休しホテルをキャンセルした場合、キャンセル料は原則として発生します。国民生活センターによると、交通と宿泊は別契約のため、消費者の都合によるキャンセルとみなされるためです。ただし、ホテルとの契約内容や状況により対応が変わる可能性もあるため、直接ホテルに確認することが推奨されています。