일선 수사팀은 '장윤기 사건'에 단순 살인죄를 적용한 것이 경찰청 국가수사본부(국수본)의 지휘 때문이었다고 주장했다. 국수본이 사건 수사 방향을 지시했으며, 강간살인죄 적용 의견이 묵살되었다는 내부 증언이 나왔다. 현재 국수본은 해당 사건의 부실 수사 의혹을 조사 중이며, 관련 부서에 대한 압수수색이 진행 중이다.