한국교회언론회가 대안학교에 대한 규제가 교육의 다양성과 자율성을 훼손할 수 있다고 우려를 표했다. 언론회는 부모의 교육 선택권과 학생의 배움의 권리를 보장해야 하며, 국가가 교육 이념까지 통제해서는 안 된다고 주장했다. 또한 기독교 가치관을 가르치는 대안학교에 대한 지원 확대를 촉구했다.