배재고 야구부가 5·18 광주항쟁을 비하하는 응원을 펼쳐 논란이 된 가운데, 학교 홈페이지에 이승만 초대 대통령을 '건국대통령'으로 표기한 것이 드러나 헌법 정신 위배 논란이 일고 있다. 또한, 학교는 지난 4년간 SKY 대학 합격자 수를 홍보하며 학벌주의 조장 비판도 받고 있다. 이는 국가인권위원회의 권고와도 배치된다.