가정연합은 목회자정책자문위원회 대표성 논란에 대해 민주적 절차로 투명하게 선출했다고 반박했다. 일부 언론 보도와 달리 일방적 의사결정이나 소통 부재는 없었으며, 온라인 투표를 통해 공정하게 위원을 선출했다고 밝혔다. 또한, 정관 변경 주장은 사실이 아니며 내부 자문기구일 뿐이라고 해명했다.