보건소의 역할 축소에 대한 우려가 제기되고 있다. 2008년 장기요양보험 도입 당시 보건소가 소외되었던 경험이 통합돌봄 정책에서도 반복될 수 있다는 지적이다. 통합돌봄 로드맵에 보건소의 역할이 명시되어 있음에도 불구하고, 예산은 지역필수 의료 예산의 10분의 1도 되지 않는 수준이다. 이는 보건소의 실질적인 기여를 어렵게 할 수 있다.