經濟部對前行政院經貿辦副總談判代表顏慧欣的憾事表示遺憾，並駁斥將其歸咎於「派系鬥爭」的說法。經濟部強調，顏慧欣生前疑遭職場霸凌的事件，不應被簡化，並呼籲外界基於事實發言，勿影射對國家有貢獻的公務員。顏慧欣的辭呈曾揭露爭取加入CPTPP過程中的消極態度。