馬英九基金會前執行長蕭旭岑遭切割，傳因利用基金會名義在中國活動，馬英九命金溥聰處理。對此，中國國台辦表示，馬英九基金會近年來積極開展兩岸交流，為兩岸關係和平發展發揮了積極作用。基金會聲明蕭、王兩人言行不能代表基金會及馬英九立場，並將追究違反財政紀律情事。