自5月1日起，金門小三通的碼頭清潔費將進行調整。非金門縣籍旅客的費用將從原先的100元調升至160元，而金門縣籍旅客則維持100元。此次調整是因應金門港旅運中心的啟用，且該費用已長達25年未變動。此措施將使非金門籍旅客的小三通票價感覺上漲60元。