법무부는 검찰청의 3심제(대검찰청-고등검찰청-지방검찰청) 구조 유지가 국민 권익 보호에 필수적이라고 강조했다. 이는 법원 심급에 대응하는 체계로, 억울한 국민을 보호하고 권익 공백을 최소화하기 위함이라고 설명했다. 현재 국회에서 논의 중인 공소청법 정부안에 대한 입장이다.