國民黨內部因軍購條例草案產生分歧。立委趙少康批評黨中央智庫取代黨團的作法「太不像話」，而黨主席鄭麗文則表示尊重黨團自主，並強調黨中央已多次與黨團及立委溝通協調，包括與徐巧芯至少溝通兩次，以整合意見並確保國家安全。