국가정보원이 쿠팡의 개인정보 유출 사건 자체 조사 논란에 대해, 쿠팡이 주장하는 정부 공조 및 지시와는 상당 부분 무관하며 왜곡된 부분이 있다고 밝혔다. 쿠팡 측은 정부 협조 하에 조사를 진행했다고 주장했으나, 국정원은 이에 대해 사실과 다르다고 반박했다.