衛福部將進行組織改造，設立新的「兒少及家庭支持署」和「長期照顧及社會發展署」，以應對台灣的少子化與高齡化。此外，將成立「國家醫療科技評估中心」來招攬人才，而國家中醫藥研究所則轉型為「國家中醫研究院」。前部長陳時中對此改革表示肯定，認為這是重要的進步。